O setor responsável pela Assistência Estudantil no campus SJB é o Núcleo de Apoio ao Estudante - NAE - com intuito de promover a permanência do estudante matriculado nos campi do Instituto Federal Fluminense, contribuindo para que conclua o curso escolhido com êxito. Para isso, possui diversos programas de Assistência Estudantil, contidos no Programa de Apoio à Formação Integral do Estudante do Instituto Federal Fluminense.

 A Assistência Estudantil visa contribuir, nos termos do Decreto n°7234/2010, para a permanência e êxito dos alunos do Instituto Federal Fluminense, reduzindo os índices de evasão escolar e melhorando o desempenho acadêmico. É constituída por uma bolsa (Permanência IFFluminense) e quatro auxílios, a saber: moradia, transporte, alimentação e ENEE (Educação para Necessidades Educacionais Específicas). A Bolsa Permanência é acumulável com qualquer modalidade de auxílio, bem como com outras bolsas acadêmicas (monitoria, iniciação científica, extensão, PET e PIBID), não sendo permitido o seu recebimento concomitante com a bolsa de Apoio Tecnológico e Profissional ou qualquer modalidade que envolva atividades administrativas. Os auxílios, por sua vez, são acumuláveis entre si.