São cursos voltados à formação científica e acadêmica e também ligados à pesquisa. O IFFluminense oferece cursos de mestrado profissional em diferentes áreas, além de um curso de doutorado profissional em Modelagem e Tecnologia para o Meio Ambiente Aplicadas em Recursos Hídricos.
Campus Campos Centro
- Tecnologias em Arquitetura e Urbanismo.
- Tecnologia, Concepção e Análise;
- Tecnologia, Gestão e Produção.
- Portadores de diploma em Arquitetura e Urbanismo ou das áreas de Ciências Sociais Aplicadas, Engenharias e Ciências Exatas e da Terra.
Campus Macaé
- Educação Profissional e Tecnológica (EPT).
- Práticas Educativas em EPT;
- Gestão e Organização do Espaço Pedagógico em EPT.
- Podem matricular-se no ProfEPT diplomados em cursos de graduação reconhecidos pelo Ministério da Educação, em qualquer área, que tenham sido aprovados no Exame Nacional de Acesso.
Multicampi: Campos Centro/Polo de Inovação/Macaé/Cabo Frio
- Sustentabilidade Regional.
- Avaliação, Gestão e Conservação Ambiental;
- Desenvolvimento, Sustentabilidade e Inovação.
- Graduados em Engenharia, Cursos de Tecnologia, Ciências da Natureza e áreas correlatas, preferencialmente já inseridos no mercado.
Campus Campos Centro
- Física na Educação Básica;
- Formação de professores de Física em nível de mestrado.
- Física no Ensino Fundamental;
- Física no Ensino Médio;
- Processos de Ensino e Aprendizagem e Tecnologias de Informação e Comunicação no Ensino de Física.
- Professores de Física em exercício na Educação Básica (Ensino Fundamental e Médio) e no Ensino Superior.
Campus Campos Centro
- Ensino.
- Produção e Experimentação de Tecnologias;
- Formação Docente e Recursos Tecnológicos.
- Portadores de diploma de Curso de Graduação, obtido em cursos reconhecidos por órgão competente do Ministério de Educação (MEC) que possuam interesse em aprofundar seus estudos na área de Ensino.
Polo de Inovação
- Propriedade Intelectual e Transferência de Tecnologia para a Inovação.
- Propriedade Intelectual e Transferência de Tecnologia para a Inovação em Núcleos de Inovação Tecnológica.
- Candidatos com curso superior que atuam no mercado e que desejam aprofundar o conhecimento e tratar das inovações e registros de seus produtos e serviços.
Campus Campos Centro
- Sistemas Computacionais.
- Sistemas Aplicados à Engenharia;
- Sistemas Aplicados à Gestão.
- Egressos das graduações, principalmente, mas não exclusivamente, das Ciências Exatas e da Terra, das Engenharias e Ciências Sociais Aplicadas;
- Profissionais com atuação em organizações (públicas ou privadas) que busquem aprimorar seus conhecimentos em sistemas computacionais.
Campus Campos Centro
- Ciências Ambientais.
- Modelagem e Tecnologia para Meio Ambiente Aplicadas em Recursos Hídricos.
- Modelagem para Meio Ambiente Aplicada a Recursos Hídricos;
- Tecnologia para Meio Ambiente Aplicada a Recursos Hídricos.
- Portadores de diploma de Mestrado, obtido em cursos no Brasil reconhecidos pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes) ou obtidos no exterior e reconhecidos em instituições brasileiras aptas para tal, que possuem interesse em aprofundar seus estudos em Modelagem e Tecnologia para Meio Ambiente Aplicadas em Recursos Hídricos.