São voltados para a capacitação de profissionais mediante o estudo de técnicas, processos, ou temáticas que atendam a alguma demanda do mercado de trabalho. Os cursos de mestrado têm duração de dois anos e os de doutorado têm duração de quatro anos.
O Mestrado Profissional em Engenharia Ambiental tem como objetivo principal incorporar e/ou aprofundar a dimensão ambiental na formação de profissionais da área tecnológica, de modo a proporcionar o desenvolvimento de alternativas que compatibilizem desenvolvimento regional e qualidade ambiental, em atendimento a demandas governamentais, da iniciativa privada e da sociedade civil organizada.